Программа изучения профиля в магистратуре предполагает длительность обучения в течение двух лет при наличии диплома бакалавра. Студенты приобретают профессиональную компетенцию в следующих вопросах: оценки экологического состояния и пригодности водоемов естественного и искусственного происхождения для обитания рыб; контроля качества выращиваемых объектов аквакультуры; проведения рыбохозяйственной и экологической экспертизы; организации работы и управления коллективом в компаниях, ведущих хозяйственную деятельность в рыбной сфере; изучения и контроля популяции промысловых рыб, растений, моллюсков, морских и речных животных, ракообразных; охраны и регулирования объема вылова моллюсков и ракообразных во внутренних водоемах и морях; искусственного разведения и выращивания различных видов морских и речных организмов; проектирования предприятий, связанных с аквакультурой и рыбной сферой; изучения различных болезней и патологий рыб, а также разработки методов их профилактики и лечения; изменения водных систем в результате воздействия человеческого вмешательства; осуществления преподавательской деятельности в колледжах и ВУЗах.