Среди наиболее важных навыков, которые приобретают магистры биотехнологии, являются: комплексное изучение параметров технологического процесса в разрезе их соответствия научным проектам и разработкам; создание реальных программ в области научных исследований; мониторинг направлений, позволяющих разрабатывать принципиально новые пути производства биотехнологической продукции; выделение, определение, классификация и изучение продуктов биотрансформации и биосинтеза; создание и производство новых штаммов-продуцентов биологических препаратов; разработка упаковки и формы биопрепаратов и определение наиболее эффективных способов их применения; удовлетворение требований потребителей и заказчиков в области технологических процессов и методов анализа; анализ регулярных параметров протекания процесса биосинтеза, взаимного влияния друг на друга микроорганизмов, клеток и вирусов; теоретическое моделирование, направленное на прогноз направления и степени изменения параметров материалов и сырья; математическое описание и тестирование физико-химической и биологической кинетики; конструирование эскизов, опытных образцов и рабочих установок на современном биотехнологическом производстве.